La canción, incluida en el álbum “Bayou Country” (1969), está inspirada en un momento puntual de la vida de John Fogerty.
La canción, escrita por John Fogerty tras dejar la Guardia Nacional en 1968, simboliza la libertad de dejar un trabajo duro en la ciudad por una vida más simple en el río Misisipi. Narra la historia de alguien que deja un trabajo difícil en la ciudad (Memphis) para trabajar en un barco, simbolizando la libertad, la renovación y la búsqueda de una vida auténtica. Representa una celebración de la libertad personal y la renuncia a la presión social y materialista de la vida urbana. Inicialmente, pensó en «Mary» como una lavandera, pero luego decidió que sería un barco, concretamente un «paddle steamer» (barco de paletas) llamado “Proud Mary”. Los barcos «paddle steamer», como el «Proud Mary», navegaban por el Misisipi, aunque el barco formalmente conocido en esa zona era el «Mary Elizabeth», que operó de 1928 a 1978.
En 1966, John Fogerty recibió la notificación de reclutamiento al servicio militar. Ese mismo día, el líder de la Creedence se acercó, junto al baterista de la banda, Doug Clifford, a la Guardia Nacional para presentarse voluntario en la fuerza de Reserva del Ejército y así poder evitar ser enviado directamente al frente en Vietnam. Evitó el despliegue activo uniéndose a la reserva como oficinista. Recibió entrenamiento en Fort Bragg, Fort Knox y Fort Lee, sirviendo como empleado de suministros. Fogerty describió su tiempo en el ejército como una época de frustración, observando cómo los hijos de personas acomodadas evitaban el servicio activo, experiencia que inspiró la crítica social de canciones como en «Fortunate Son». Tras sentirse desmotivado por la perspectiva de más años en la reserva, realizó acciones para demostrar su «inaptitud», logrando su baja anticipada a mediados de 1968.
Esta experiencia fue clave para el sonido y las letras de la CCR, marcando una etapa de alta creatividad y crítica social en su carrera.
«Era mi primera canción realmente buena. Tenía veintitrés años y llevaba unos días metido en la música, pero reconocí inmediatamente la importancia de ‘Proud Mary’», señaló Fogerty.

